寺伝の縁起や絵巻（ともに足立区文化財）などによれば、
「性翁寺は六阿弥陀発祥の地にして根元の旧跡である。」
今からおよそ１３００年前の神亀２年（７２５年）、この地に居住の足立之荘司宮城宰相が一人の娘「足立姫」と下女１２人水死の難に遭った。
父・荘司は悲嘆のあまり諸国廻行に出て熊野権現より霊木を授かり、海中に投げ入れると、霊木は当処へ流れ着いていた。　（旧来、熊の木の地名あり）
この霊木を当地に行化の行基菩薩の御手で、六道流転化益に当たって六体の阿弥陀仏を彫刻し、六つの村里に安置して１３人亡女子のため、 又、末代衆生利益のためとしたのが六阿弥陀の始まりである。
なお、余り木をもって娘成仏の御影として阿弥陀一体を刻して、荘司屋敷の傍らに草庵を建立して安置したのが当寺開創であり、木余り如来の由縁である。
その後、明応元年（１４９２年）、当地に来た龍呑上人が姫の墓処の菩提樹の木に毎夜、龍燈のかかるのを見て、守護処に一寺改転を願い出て、龍燈山貞香院性翁寺と給わり、浄土宗寺院として開山されたのである。
以来、女人往生の霊場として春・秋彼岸の「江戸六阿弥陀巡り」が盛んとなった。
また、当寺は阿出川對馬守を大檀那として４００年来、一族の菩提寺として墓が護られている。
阿出川氏により再興された性翁寺は、慶安２年（１６４９年）、三代将軍家光より朱印地として１０石の寺領を拝領し、以後も歴代将軍により安堵された。